漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……
堀川亮 富山敬 广中雅志 井上和彦 森功至 德丸完 若本规夫 大木民夫 柴田秀胜 政宗一成 二又一成 大林隆介 户谷公次 古川登志夫 石丸博也 铃置洋孝 盐泽兼人 石冢运升 菊池正美 小林通孝 堀内贤雄 平野正人 江森浩子 中野圣子 田中和实 屋良有作
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水田山葵 大原惠美 嘉数由美 木村昴 关智一 三石琴乃 竹内都子 井上麻里奈 能登麻美子 清川元梦 小伏伸之 大西健晴 鸟海胜美 北村谦次 深田爱衣 佐藤奏美 天神林知美 松田志绪理 古川裕隆 关根信昭 古田歌 岩田龙门 上田弦 日下雅贵 曾我夏美 田中裕二 观月亚理莎 市村正亲
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