晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量……
堀川亮 富山敬 广中雅志 井上和彦 森功至 德丸完 若本规夫 大木民夫 柴田秀胜 政宗一成 二又一成 大林隆介 户谷公次 古川登志夫 石丸博也 铃置洋孝 盐泽兼人 石冢运升 菊池正美 小林通孝 堀内贤雄 平野正人 江森浩子 中野圣子 田中和实 屋良有作
水田山葵 大原惠美 嘉数由美 木村昴 关智一 三石琴乃 松本保典 藤本千秋 荻野志保子 吉越拓矢 石田琴美 上野一舞 菅原淳一 丸田麻里 宇垣秀成 楠见尚己 高户靖广 后藤史彦 濑那步美 松元环季 大塚周夫 有田哲平 三宅裕司 堀北真希
水田山葵 大原惠美 嘉数由美 木村昴 关智一 三石琴乃 竹内都子 井上麻里奈 能登麻美子 清川元梦 小伏伸之 大西健晴 鸟海胜美 北村谦次 深田爱衣 佐藤奏美 天神林知美 松田志绪理 古川裕隆 关根信昭 古田歌 岩田龙门 上田弦 日下雅贵 曾我夏美 田中裕二 观月亚理莎 市村正亲
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